云居寺位于福建省連江縣東岱鎮山堂村云居山之巔，又名上庵寺，云居山位于閩江與鰲江之間，距縣城7.5公里。唐代即建寺于此，宋元屢修，清康熙年間(1662-1722年)重建，到民國年間，年久失修，損壞嚴重，部分倒塌。民國六年(1917年)圓慶上人和明性法師駐錫于此，著手修繕寺宇，開荒種地，初創業基。
1981年明性法師圓寂后，由理通法師繼任住持，擴建大雄寶殿，修七星井和生活用房。1988年理通法師圓寂后，由比丘尼理順法師任住持，理實法師任監院，1993年開始對總體布局進行全面調整，將原有殿宇全部拆除，重新設計仿古結構，屋頂有琉璃瓦面，殿內1989年重塑的釋迦牟尼第三尊佛像，高3.4米，肩寬1.2米，全面用金粉裝飾，鮮艷奪目。塔井浮雕九龍八鳳心，工藝精巧。大雄寶殿廊前換上九根浮雕青石龍柱，殿堂高度從原來8.3米加高為13.8米，深度增加4.3米。建筑面積680平方米。大雄寶殿前方留有一塊575平方米正方形廣場，內建七星井和千佛塔。廣場前面是天王殿，建筑面積135平方米，殿前為月爿池。在大雄寶殿和廣場兩旁建有齊堂、祖師殿、伽藍殿、西歸堂及生活用房等建筑面積1562平方米。大雄寶殿后座為法堂、藏經樓、僧房等，建筑面積441平方米，殿宇圍墻長300米，高2.8米。近數年來的修繕總計耗資五百多萬元，全部都是信徒捐獻，其中胡雪金家族一百六十多萬元，鄭玉英家族五十多萬元。現擁有殿堂5座，大小廳室56間，總建筑面積2818平方米。
云居山是連江縣內四大名山之一，青山堆翠，碧岫繞云，兀巒幽谷，奇巖怪石，松樹蕭森，綠茵馥郁，正如云居寺前崖刻有所言“天上云居，人間仙境”。西北向有仙人跡，傳說仙人曾到云居山，巖壁尚留一尺多長的腳印。北面有金貓戲鼠、尼姑洗臉、和尚貌臺諸勝。云居寺左邊有大字“彤云碧海”的刻石。附近有流米巖。寺側有一小岡，首尾昂起，形好馬鞍，叫馬鞍山。每屆秋日，游者多宿云居寺，以待翌晨登普光塔以觀日出。普光塔又稱云居塔，在云居山頂，游人在此極目東海，氣象萬千。高僧海筏法師有聯云：“海自混茫能蓄日，山無古今獨居云”，生動概括了“云居觀日”的獨特景色。“云居觀日”是鰲江十二景之首。塔旁有一巨石，呈半笏狀，底部附著貝殼，上刻“海上飛來”四字，稱飛來石，對考察云居山地形變化具有重要意義。滿山怪石，知名者還有“美女梳妝”、“蓮花臺”、“杜鵑巖”等諸勝。
云居寺雖處群山峻嶺之中，現有一條石面公路接通連曉公路而進入104國道，交通十分方便，四方信士來朝拜者絡繹不絕。
