科山寺位于惠安縣城西郊的科山頂峰。始建于北宋元祐年間(1086-1093)后廢。至明景泰年間(1450-1456)又重建，建筑面積700多平方米。 1978年以來不斷復(fù)修、重建，范圍擴(kuò)展到15000多平方米，寺內(nèi)外的園藝、景點(diǎn)大有增辟，面貌為之一新。 1994年，惠籍旅星僑胞楊松年先生捐獻(xiàn)巨資，又新建雙檐歇山式大雄寶殿和三檐亭閣式的大悲殿，巍峨壯觀。
科山曾是眾多名士讀書之地。南宋嘉熙間縣令鄭清子曾建“登科書院”于此處。科山寺歷史悠久，至今尚留有自宋至民國期間的歷代摩崖石刻20多處，多數(shù)集中在寺前層巖上。寺中有清末名士、畫家林淵、黃朝棟撰寫的石刻柱聯(lián)多副和當(dāng)代全國著名書法家虞愚和梁披云分別書寫的“科山寺”“圓通寶殿”和“大雄寶殿”匾額。一代高僧弘一法師抗日期間曾三次來寺講經(jīng)說法并題有“慧水勝境”四字于寺內(nèi)。報(bào)德祠內(nèi)尚有明萬歷名宦、著名地方史家何喬遠(yuǎn)撰寫的長篇頌德碑記，均為書法、文章佳作。
科山寺現(xiàn)任住持弘雄法師，于1996年夏恢復(fù)了“科山書院”名號(hào)；并編纂“科山書院叢書”，收藏和刊印古今鄉(xiāng)賢的文學(xué)著作。
