南寧水月庵距今已有300多年的歷史，原名觀音庵，始建于清朝康熙四十四年(公元1705年)。烏龍寺上廣下映和尚在臨江街建造觀音庵，派比丘尼上道下淑師父主持。雍正四年(公元1726年)擴(kuò)建，因庵堂面向邕江，夜里水月相映，上寂下印禪師故改名為水月庵。
觀音有三十三相，水月觀音便是其中之一，她高坐水邊的石上，扭頭望著水中月亮的倒影，用以喻諸法如水中月而無實(shí)體。當(dāng)時(shí)的水月庵屬磚木結(jié)構(gòu)的三進(jìn)廳和兩廊一閣，入門的一進(jìn)廳是客廳，有一木屏風(fēng)，上面雕刻著閣祖師頭像，二進(jìn)廳是出家?guī)煾傅淖∩岷吞炀M(jìn)廳是放置菩薩佛像供人們燒香朝拜的，地鋪褐色石板，大門對(duì)著是區(qū)臨江街。當(dāng)時(shí)南寧的“三教”(懦、佛、道)信仰頗為流行，每逢初一、十五的時(shí)候，一些虔誠(chéng)的信徒和信佛香客蜂擁前去水月庵里頂禮膜拜，一時(shí)香火鼎盛。庵的后門臨邕江處有一碼頭，一些遠(yuǎn)處香客也慕名劃船前來湊熱鬧。
在抗戰(zhàn)時(shí)期，水月庵于民國(guó)28年(1938年)8月30日被日機(jī)轟炸，大廳被毀，死傷比丘尼及部分避難民眾約六十多人，民國(guó)38年重建。文革期間，破“四舊”之風(fēng)盛行，水月庵首當(dāng)其沖，被迫停止一切佛事活動(dòng)。粉碎“四人幫”后，水月庵才恢復(fù)佛教活動(dòng)。
1986年，因城市改造，把邕江大堤擴(kuò)建成大道，市政府為了落實(shí)宗教政策，撥給補(bǔ)償拆遷費(fèi)30萬元人民幣，將它搬到青秀山天池西面重建。1987年動(dòng)工，座落在古代景區(qū)中當(dāng)年的普賢庵遺址。這里曾是佛教寺庵云集的風(fēng)水寶地。庵前石壁懸崖古稱“擷青崖”刻有王陽明(世稱“陽明先生”)的“陽明先生過化之地”。崖下曾有“獨(dú)孤”古廟，也叫青山寺。水月庵在青秀山落成時(shí)，中國(guó)佛教協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)趙樸初居士親自為水月庵題寫了庵名，新址于1988年建成，面積2200平方米。 如今水月庵常住的師傅有10位左右，常住的護(hù)法居士也是10位左右，主持為溫州那爛陀佛學(xué)院的教務(wù)長(zhǎng)上性下空法師。
