公雅寺位于青海玉樹州囊謙縣的兩座神山，據稱是大護法國渣(KUGYAI)及扎打(JADAK)的圣地，故稱國渣山及扎打山。同時，據著名的伏藏大師第一世秋吉林巴稱他所見到的這兩座神山既是觀世音菩薩的壇城地，亦是金剛亥母的圣地。
第一世秋吉林巴在到達公雅寺的途中，凈觀到極奇異的景象，在公雅寺上空出現了釋迦牟尼佛，圍繞著有人大菩薩及千佛，散發無量與無邊的光，同時在公雅寺的另一上空顯像出歷世大寶法王的佛行事業，其中包括第十七世大寶法王與泰錫度仁波切在一起心連心的預言景像。秋吉林巴稱一生中所見的預言景像甚多，而在公雅上空所見最為殊勝。
距離公雅寺約二十五分鐘車程可抵達著名的蓮花生大士的修法圣地-藏名意譯為“百個神山之首”。據稱繞著神山一周的功德相當于誦一千萬遍蓮花生大士的心咒，故稱為神山之首。(繞山一周約1個多小時)。
第七世大寶法王卻札嘉措的弟子江扎桑杰巴增和薩當塔巴江欽依止大寶法王努力修學，得到一定成就。噶瑪巴就指示他們去找一座如刀狀的山峰并在那里興建道場利益眾生。他告訴弟子，那個地方非常殊勝，是觀世音的凈土。兩位弟子依照上師噶瑪巴的指示找到了現在的公雅寺的所在地，安住下來，度化利益很多牧民。這就是公雅寺的前身。
公雅寺是當地十大寺廟之一。寺院有桑杰丹增仁波切的轉世、班巴仁波切、巴金仁波切、白瑪仁波切、仁格仁波切等九位仁波切，歷史上涌現出許多成就者。今天的公雅寺包括兩座寺院、一個佛學院、兩個大經堂、三個閉關中心和兩座女尼庵堂。寺院現有三百多位喇嘛，兩百多位阿尼和一百多位小喇嘛。 舊經堂大殿是桑杰丹增老仁波切文革后歷盡艱辛重建起來的，而位于縣城的世界和平法會大經堂、公雅寺蓮師宮殿、阿尼左欽寺大殿、阿尼閉關中心等則是巴金仁波切秉承老仁波切悲愿不辭勞苦陸續圓滿建成的。
