瞿曇寺，藏語稱“卓倉拉果丹代”，亦稱“卓倉多杰羌”，意為“樂都持金剛佛寺”位于青海省海東州樂都縣曲壇鄉所在地，南距縣城約17公里。該寺是樂都南山地區最大的寺院。
瞿曇寺創建于明洪二十五年(1392年)，開創者三羅喇嘛桑杰扎西，明朝受封西寧僧綱司都綱，是西寧衛的宗教首領。該寺的創建及后來的擴建，都得到明王朝的大刀扶持，明太祖朱無璋書匾賜名“瞿曇寺”，以后歷代亦多次賜匾額、修佛堂、立碑記、封國師、賜印誥，影響頗大。
瞿曇寺原屬藏傳佛教噶瑪噶舉派寺院，明末格魯派崛起后，改宗格魯派，出現了智合倉、卓倉曼巴倉、卓倉居巴倉三個轉世活佛系統。其中智合倉以該寺開創者海喇嘛為第一世，成為該寺寺主。實際智合倉的轉世系統始于康熙年間受封為“灌頂凈覺弘濟大國師”的班覺丹增。二世羅桑丹具尼瑪、三世噶丹增嘉措、四世羅桑噶桑嘉措曾先后擔任搭爾寺第三十六任、五十六任、七十六任法臺。卓倉曼巴倉、卓倉居巴倉系統的羅桑貢卻尼瑪和噶扎西嘉措，曾任搭爾寺曼巴扎倉第十五任堪布和塔爾寺居巴倉第三十九任堪布及五十任法臺。歷史上瞿曇寺曾領屬十三寺。
作為我國西北地區保存最完整、規模宏闊而又質量精良的明朝寺院，瞿曇寺被列為全國重點文物保護單位。1949年后多次撥款維修。整個寺院依山傍水，高低錯落，氣勢宏偉。全寺共三個院落，由山門、左右碑亭、金剛段、瞿曇寺殿、寶光殿、隆國殿、護法殿、三世殿以及左右迥廊、鐘鼓樓等主要建筑組成，有“小故宮”之美稱。全寺建筑共占地41.36畝，以瞿曇寺殿(明洪武二十五年)、寶光殿(明永樂十六年)、隆國殿(明宣德二年)為主體建筑，整個布局及殿堂裝飾具有明朝宮殿風格。寺內現存明朝漢藏文對照御制碑和明清匾額十塊、明宣德二年鑄造的青銅巨鐘一口、香爐三鼎、明鈸、象牙佛珠、檀香木佛珠、石雕米拉日巴像，以及明清統治者所賜金印、象牙塔、景泰藍花瓶等多珍貴文物。該寺廂廊壁畫約四百平方米，主要內容為佛本生故事，構思奇巧、形象逼真、技法純熟，風格似敦煌壁畫，具有極高的藝術和研究價值，堪為國家級至寶。殿堂建筑中，以隆國殿最為富麗堂皇，型制獨特。其月臺石欄、殿堂隔扇雕造雄渾精美，被譽為明朝小木作中的杰作。寺內佛塔四座，以度母塔最為古老。珍藏《甘珠爾》《丹珠爾》、《宗喀巴大師文集》等佛經著述三百余部，并有自印度迎請的舍利近百粒，供奉于佛塔中。重要植物有明末清初所植樹的白旃檀樹。
瞿曇寺興于明朝，清中葉后漸衰。1949年前寺僧六十余人。1958年后，瞿曇寺成為全省被保留的十一座藏傳寺院之一，“文革”期間關閉，1980年重新開放。
