大報恩寺位于南京市秦淮區中華門外，是中國歷史上最古老的佛教寺廟，前身為東吳赤烏(238─建初寺和阿育王塔建于250年，是繼洛陽白馬寺之后中國的第二座寺廟，也是中國南方建造的第一座佛教寺廟。中國佛教中心與靈谷寺、天界寺并稱金陵三大寺廟，下轄百寺。
大報恩寺是明成祖朱棣為紀念明太祖朱元璋和馬皇后而建造的。明永樂在建初寺原址重建十年(1412年)，歷時19年，耗費248.5萬白銀、10萬軍事和民夫。大報恩寺建設極為精致，完全按照皇宮標準建造，金碧輝煌，晝夜通明。整個寺院規模極大，有殿閣30多座，僧院148間，廊房118間，經房38間，是中國歷史上規模最大、規格最高的寺院，是百寺之首。
大報恩寺玻璃寶塔高達78.2米，全部用琉璃燒制。塔內外有146盞長燈。自建成以來，它一直是中國最高的建筑，也是世界建筑史上的奇跡。它位列中世紀世界七大奇跡。當時被西方人視為代表中國的標志性建筑，被譽為中國古董，永樂窯。
從2007年初到2010年，南京博物館考古部對南京大報恩寺遺址進行了全面系統的考古發掘，先后發現并清理了明代大報恩寺的香水河橋、中軸線主干道、天王殿、大殿、觀音殿、法堂，以及建于北宋大中祥符四年(1011年)的長干寺真塔宮和北側的畫廊基礎。以七寶阿育王塔、金棺銀棺為代表的大量珍貴文物出土，獲得了極其重要的考古收獲。截至2010年中，油庫、畫廊、伽藍殿等建筑遺跡仍在清理發掘中。
大報恩寺南區與北區的建筑格局完全不同。它不是按照中軸線排列的，而是分為四個相對獨立的庭院，分別承擔不同的功能。它的西部是儲藏經書、經板的地方，名為藏經殿，收藏了全套《永樂南藏》的大藏經板。中間有兩個庭院，北面的庭院是寺院管理機構的所在地，主要包括方丈室、倉庫等。偏南的院落叫三藏殿，是僧人習法參禪的地方。三藏塔供奉玄奘骨舍利的三藏塔就在這個地區。最東部叫檀香林，是和尚吃飯休息的地方。
在大報恩寺，琉璃塔是最著名的單體建筑，九級八面，高達78米。它是當時中國最高的建筑，裝飾著五顏六色的玻璃，被譽為世界第一塔。
基于文物保護的最小干擾和可識別原則，現在現場公園備受關注的玻璃寶塔沒有按照歷史原樣重建，而是以輕鋼框架玻璃保護塔的形式重建，在完全保護現場的前提下賦予其象征意義和內涵，留給每個人對逝去的宏觀結構和無限的想象。
